Cuenta una de las leyendas (escrita por Esteban de Garibay en 1628, en “Compendio Historial de las Crónicas y Universal Historia de todos los Reynos de España”) que en 1469, el pastor Rodrigo de Balzategui iba caminando por una senda cuando la virgen se le apareció posada sobre un espino, por lo que éste preguntó: “¿Arantzan zu? (¿En los espinos, tú?)”. El historiador Padre Lizarralde, quien diseñó el escudo del santuario, se basó en esta leyenda para crear en el emblema un espino del cual brota una estrella, que con su luz espanta al dragón, mandándolo al abismo. Allí se puede leer “Arantzan zu”.
Este punto en la falda de Aitzkorri, a 750 metros de altitud y apartado de las poblaciones cercanas, fue el lugar donde se construiría el Santuario, entre finales del Siglo XV y principios del XVI, un intrincado arquitectónico sobre rocas y barrancos. La primera construcción del Santuario se realizó en madera y piedra, pero los incendios reiterados acontecidos en 1553 –sólo se salvó la iglesia con la talla de la Virgen, mientras que el resto tardó en rehacerse 18 años, con un nuevo altar y crucero-, 1622 –tras el que se reconstruyó ganando espacio sobre el barranco contiguo- y 1834 –durante las guerras carlistas los liberales quemaron las instalaciones-provocaron la construcción de un nuevo santuario durante los siguientes 50 años, inaugurando partes del mismo durante el proceso. En abril de 1950, el Ministro Provincial de los franciscanos, el padre Pablo de Lete, lanza la idea de la necesidad de la construcción de una nueva basílica para lo que se abre un concurso de ideas donde los proyectos han de respetar las construcciones monacales existentes y la entrada de la carretera. De entre los 40 arquitectos y sus 14 proyectos presentados, la idea de los arquitectos Sáenz de Oiza, y Luis Laorga de una reforma integral del espacio religioso y moderno fue la elegida, comenzándose a construir en ese mismo año.
