El 9 de julio de 2004, los responsables de Protos presentaron en sociedad el proyecto para construir sus nuevas instalaciones, donde los arquitectos responsables del encargo han buscado aunar bajo las mismas bóvedas antigüedad y modernidad, reinventando la tradición de la construcción de este tipo de instalaciones. En total, casi 20.000 metros cuadrados de bodega y 10.000 de jardín, que han requerido de una inversión de casi 25 millones de euros por parte de los propietarios de la bodega, para encuadrar su arquitectura en un paraje natural con vistas al Castillo de Peñafiel, adjudicado a la empresa FCC Construcciones.
Esta nueva planta, enfocada a mantener la calidad de la fabricación tradicional de los vinos gracias a las nuevas tecnologías en robótica e ingeniería, estará enlazada con los dos kilómetros de túneles y galerías existentes, excavados bajo la colina del Castillo de Peñafiel, donde hasta ahora residían las instalaciones sede de la firma desde 1927, que a lo largo de los años se han ido ampliando para dar cabida actualmente al procesamiento de hasta cuatro millones de kilos de uva, el laboratorio de control e investigación enológica, y el almacenamiento de 8.000 barricas de roble para el envejecimiento del vino, mantenido en las mejores condiciones para la fermentación en estas grutas: 15 grados de temperatura y 75% de humedad durante todo el año.
